Το 1970 ήταν έτος σταθμός για τον ΑΠΟΛΛΩΝ ΠΑΡΑΛΙΜΝΙΟΥ. Το 1970 ξεκίνησε η ιδέα για την συγχώνευση δυο ομάδων. Του ΔΙΓΕΝΗ και του ΗΡΑΚΛΗ ΠΑΡΑΛΙΜΝΙΟΥ. Την 14η Απριλίου 1971 ιδρύεται και επίσημα το φίλαθλο σωματείο με την επωνυμία <<ΠΟΔΟΣΦΑΙΡΙΚΟΣ ΣΥΛΛΟΓΟΣ ΠΑΡΑΛΙΜΝΙΟΥ Ο ΑΠΟΛΛΩΝ>> .
Σκοπός του συλλόγου όπως περιγράφεται και στο καταστατικό του είναι η σύμμετρη και αρμονική ανάπτυξη των σωματικών και ψυχικών δυνάμεων και δεξιοτήτων των μελών και η δημιουργία ισχυρών και ηθικών χαρακτήρων με την χρησιμοποίηση αγωνιστικής και ποδοσφαίρου σε συνδυασμό με την εφαρμογή μορφωτικού προγράμματος επί των αθλουμένων.
Μετά την αλλάγη της χιλιετίας αρχίζουν και οι επιτυχίες του ΑΠΟΛΛΩΝΑ σε επίπεδο τίτλων. Η αρχή γίνεται την σεζόν 2000-2001 με την κατάκτηση του κυπέλλου ΕΠΣ ΣΕΡΡΩΝ. Ακολουθεί μια ακόμα πιο επιτυχημένη σεζόν, το 2001-2002, οπότε κατακτά το ντάμπλ της τοπικής ένωσης αποκτώντας ταυτόχρονα το δικαίωμα συμμετοχής στην Δ΄ Εθνική κατηγορία Ελλάδος. Στη Δ΄ Εθνική παραμένει για πέντε συνεχόμενα έτη ως και την σεζόν 2005-2006. Ενδιάμεσα το 2004-2005 κατακτά και πάλι το κύπελλο ΕΠΣ ΣΕΡΡΩΝ.
Η ομάδα αμέσως μετά μπαίνει σε μια πολύ δύσκολη περίοδο της ιστορίας της αφου δεν βρέθηκε το κατάλληλο ενδιαφέρον απο ανθρώπους ώστε να συνεχίσει ο ΑΠΟΛΛΩΝΑΣ. Την σεζόν 2011-2012 ξεκινάει μια νέα προσπάθεια από νέους ανθρώπους με όρεξη για δουλειά και όραμα για την ομάδα. Βρέθηκαν τα απαραίτητα κονδύλια ώστε να αναγεννηθεί η ομάδα και να κάνει νέο ξεκίνημα με παίκτες που κατάγονται από το παραλίμνιο, με μπροστάρη τον παίκτη – προπονητή και πρόεδρο τον Κεραμάρη Δημήτρη, μαζί με μια ομάδα ανθρώπων αποφασισμένων να επαναφέρουν την ομάδα στις επιτυχίες τηρώντας πάντα χαμηλούς τόνους . Ξεκινά τη πορεία του συμμετέχοντας στη Γ΄ κατηγορία της ΕΠΣ ΣΕΡΡΩΝ και ανεβαίνει στην Α΄Κατηγορία σε δυο χρόνια. Τη σεζόν 2015-2016 καταφέρνει να επανέλθει στις Εθνικές κατηγορίες αντιμετωπίζοντας στα μπαράζ ανόδου τον Μακεδονικό, τον Α.Ο Καρδίας και την Δόξα Πετρούσας. Τις περιόδους 2012-2013, 2014-2015 και 2017-2018 αναδεικνύεται και πάλι κυπελλούχος της ΕΠΣ ΣΕΡΡΩΝ. Η χρονιά του 2018 είναι, μέχρι τώρα, η πιο επιτυχημένη στην ιστορία της ομάδας καταφέρνοντας να πάρει το πρωτάθλημα του πρώτου ομίλου της Γ΄Εθνικής συμμετέχοντας στα μπαράζ ανόδου για την άνοδο στη Β΄Εθνική, με αντιπάλους τον Ηρακλή, τον Ν.Π.Σ. Βόλου και τον Τηλυκράτη Λευκάδας.
Η αγωνιστική περίοδος 2018-2019 αποτελεί μια από τις ιστορικότερες σεζόν , με την ομάδα να συμμετέχει στους ομίλους του Κυπέλλου Ελλάδος . Για την είσοδο της στους ομίλους χρειάστηκε να αποκλείσει σε νοκ-άουτ αγώνες τις Φέρες ( κυπελλούχος ΕΠΣ Έβρου) και τον Αιγινιακό ( Β΄ Εθνική). Στους ομίλους τέθηκε αντίπαλος με τα Τρίκαλα ( Β΄ Εθνική), τον Απόλλωνα Σμύρνης ( Α΄ Εθνική) και τον Αστέρα Τρίπολης ( Α΄ Εθνική). Στο πρωτάθλημα ( Γ’ Εθνική) με μια αξιοπρόσεκτη πορεία στον δεύτερο γύρο, κατέκτησε την 4η θέση.
Την αγωνιστική περίοδο 2019-2020 ο Απόλλωνας τερματίζει στην 3η θέση, κατακτώντας 40 βαθμούς σε 21 αγώνες. Την περίοδο 2020-2021 έχουμε το πιο περίεργο πρωτάθλημα όλων των εποχών. Το πρωτάθλημα τέθηκε σε αναστολή, με απόφαση της ΕΠΟ, στις 3 Νοεμβρίου 2020 λόγω μέτρων περιορισμού της επέκτασης του κορονοϊού.Στις 7 Απριλίου 2021 αποφασίστηκε η συνέχιση του πρωταθλήματος με αλλαγές στον τρόπο διεξαγωγής του. Συγκεκριμένα, το πρωτάθλημα συνεχίζεται από το σημείο που διεκόπη με την διεξαγωγή μόνο ενός γύρου.Ο Απόλλωνας τερματίζει στην 6η θέση συγκεντρώνοντας 24 βαθμούς σε 15 αγώνες. Η περίοδος του 2021-2022 θα βρει τον Απόλλωνα και πάλι στην 3η θέση του βαθμολογικού πίνακα της Γ Εθνικής με 35 βαθμούς σε 22 αγώνες ενώ κατακτά το κύπελλο της ΕΠΣ Σερρών νικώντας τον Ηρακλή Αμμουδιάς 3-0 στον τελικό.
Η ιστορία συνεχίζεται…